Las enzimas son proteínas hechas de aminoácidos. Algunos aminoácidos tienen grupos que pueden soltar o atrapar protones. Eso cambia su carga. Por ejemplo, si un ácido aspártico está en la forma en la que tiene un grupo COOH y en su medio hay pocos protones, soltará uno volviéndose COO-, lo que cambia su carga y cómo interactúa con otros aminoácidos de la proteína, lo que puede cambiar su forma y por tanto la funcionalidad de la enzima. Y si está en forma COO- y hay muchos protones, captará uno volviéndose COOH. Y lo mismo para otros cuantos grupos en los aminoácidos (como el amino, el tiol...).